Арагон, по сравнению с другими регионами Испании, самый обособленный, изолированный горами регион. Территории его располагаются в бассейне р. Эбро (Ebro), центральная часть которой – Арагонская низменность, окруженная со всех сторон Пиренейскими , Кантабрийскими, Иберийскими и Каталонскими горами.

Большинство арагонских рек являются притоками самой многоводной реки Испании Эбро, которая разделяет территорию Арагона на две части: левый и правый берега. Из притоков левого берега р. Эбро – это реки берущие свое начало в Пиренейских горах, можно выделить Арагон, берущая свое начало в провинции Уэск, а впадающаяя в Эбро на территории Наварры, Гальего и Синка, которая сливается с Сегре перед впадением в Эбро. На правом берегу выделяются такие притоки Эбро как Халон, Уэрва и Гуадалупе. В русле Эбро, недалеко от границы с Каталонией, находится Мекиненсое водохранилище, длина которого составляет 110 км, и известное всем как «Арагонское море».

В Пиренейских горах на территории Арагона можно встретить небольшие горные озёра, которые называются ибонами. Эти озёра образовались во время последнего оледенения и обычно находятся на высоте свыше 2000 метров над уровнем моря.

Одной из характерных особенностей географии Арагона являются источники, горные реки и озера. Спокойно текщие воды реки Ебро контрастирует с бурно текущими горными реками. На востоке река протекает через Монкайо (Moncayo) – самый высокий горный хребет Иберийской Системы, где находится Лагуна де Гальоканта (Laguna de Gallocanta).

Пиренейские горы Арагона являются одними из самых высоких гор этой системы, расположенные в Испании. Они отделяют Испанию от Франции. Среди них выделяются: Ането (исп. Aneto, высота 3 404 м), Монте Пердидо (исп. Monte Perdido, высота 3 355 м), Пердигеро (исп. Perdiguero, высота 3 221 м), Котьелья (исп. Cotiella, высота 2 912 м). В Пиренеях на территории Арагона располагается Национальный парк Ордеса и Монте Пердидо (исп. Parque Nacional de Ordesa y Monte Perdido).